早産や多胎、妊娠中毒症など何らかの異常妊娠の場合はもちろんのこと、順調な妊娠経過でお産になった場合でも、赤ちゃんにはいろんな異常が起こることがあります。当院では赤ちゃんの異常に対しては早期発見早期治療を心がけています。場合によっては新生児治療室で集中的な管理が必要になる場合もあります。
当院小児科では未熟児、黄疸、呼吸不全、先天異常、感染症等、新生児の多くの病気に対応しています。特に先天性心疾患については、隣接している福井心臓血圧センターと協力して診断から治療まで一貫したフォローを行っています。
下に当院で新生児治療室に入室した赤ちゃんのうちわけを示します。（数字は%を示しています。）

ただし全ての疾患に対して当院のみで対応するのは不可能であり、心臓以外の外科手術が必要となる先天異常や極端に未熟な週数の早産児（妊娠26週に満たない場合など）のような特殊な場合は連携している専門施設(福井大学医学部付属病院、県立病院、金沢医科大学など)に適時依頼しています。